姓  名: 翟巍巍
學  科: 進化遺傳學
電話/傳真: +86-10-64801720/+86-10-6808 8167 / 
電子郵件: weiweizhai@ioz.ac.cn
通訊地址: 北京市朝陽區北辰西路1號院5號
必威精装版app西汉姆联 中國科學院動物進化與係統學重點實驗室 100101
更多信息: 進化與群體基因組學研究組     

簡曆介紹:

翟巍巍,男,博士,研究員,博士生導師,中國科學院動物所進化與群體基因組學研究組組長。2002年畢業於中國科學技術大學生物係,先後在2004和2008年從美國康奈爾大學和加州大學伯克利分校取得生物統計的碩士和群體遺傳學博士。2009年6月回到中國科學院北京基因組研究所工作(任副研究員)。2013年9月到2018年6月,在新加坡基因組研究所工作(PI)。2018.6 到必威精装版app西汉姆联 工作,主要從事群體遺傳學,體細胞演化以及癌症基因組學,分子進化等研究方向上的研究。

研究領域:

群體遺傳學,體細胞進化,腫瘤進化,腫瘤基因組學,分子進化,基因組學,計算生物學。

研究方向:

1.體細胞進化和腫瘤基因組學

體細胞演化是一個新興的交叉學科。它以多細胞物種裏的細胞為研究對象,研究細胞群體進化的動態規律。從2009年開始,我們以肝癌和肺癌細胞群體為研究對象,研究細胞群體的異質性和進化規律 (PNAS 2009, PLOS Genetics 2013, Nat Commun 2017,2018,2021,2023,2024,Nat Genet 2020),闡述適應性進化對細胞群體進化以及疾病發展的推動作用。這個研究方向既有麵向進化生物學的基礎研究,又有麵向臨床科學問題的轉化研究。

2.檢測適應性進化的方法學

在分子進化研究裏,如何在大規模重測序序列(n>1000)的基礎上檢測適應性進化是領域麵臨的一個重要的科學問題。常見的密碼子模型對於小規模的數據(n<100)有了比較好的模型方法,如何在大規模的時間序列的數據上檢測適應性進化成為領域的一個難點。從2002年開始,我們一直致力於發展一個基於隨機取樣的統計學模型(Nielsen 2002),能對適應性進化的動態規律做係統的檢測和描繪(Zhai et al 2007, Chen et al 2016 and 2019,2022,Xu et al 2019)。

3.麵向自然物種的群體遺傳學

從研究生開始,我一直關注包括人在內的自然種群的演化規律,特別是對物種演化曆史以及適應性進化特別感興趣。 這個研究方向涉獵了人(例如尼安德特人的起源進化Green et al 2010), 馴化物種(例如家犬 Wang*, Zhai* et al 2013, Wang*, Zhai*, Yang* and Wang* et al 2016)。在動物所的研究,我們將探索新的模式生物體係(He et al 2023),繼續拓展群體遺傳學的研究。

社會任職:

獲獎及榮譽:

  • 2019年,中國醫藥生物技術十大進展
  • 2017年,Sanofi-Cell Research outstanding paper award of 2016 (joint work on dog evolution)
  • 2012年,中國科學院青年創新促進會
  • 2010年,AAAS Newcomb Cleveland Prize (Joint work on the Neanderthal project)

承擔科研項目情況:

  • 國家自然科學基金重大項目“體細胞進化的模式與機製”課題二, 2023.1-2027.12, 在研,主持
  • 國家自然科學基金麵上項目, 用進化基因組學的手段探究癌症的空間異質性的分布和演化, 2020.1-2023.12, 結題,主持

代表論著:

https://scholar.google.com/citations?user=bdjSpNEAAAAJ&hl=en

  1. Chen J, et al, Tam WL#, Zhai W#, Chow PK#, A multimodal atlas of hepatocellular carcinoma reveals convergent evolutionary paths and ‘bad apple’effect on clinical trajectory. J Hepatol. 2024 May 21:S0168-8278(24)00352-0.
  2. Liu X et al, Ma, L#, Jiang, L#, Zhai, W#, Tumor phylogeography revealed block-shaped spatial heterogeneity and the mode of evolution in Hepatocellular Carcinoma, Nat Commun. 2024 15 (1), 3169
  3. Kaya NA*, Tai D#,*, Lim X*, Lim JQ, Lau MC, Goh D, Phua CZJ, Wee FYT, Joseph CR, Lim JCT, Neo ZW, Ye J, Cheung L, Lee J, Loke KSH, Gogna A, Yao F, Lee MY, Shuen TWH, Toh HC, Hilmer A, Chan YS, Lim TK, Tam WL, Choo SP, Yeong J#, Zhai W#. Multimodal molecular landscape of response to Y90-resin microsphere radioembolization followed by nivolumab for advanced hepatocellular carcinoma.J Immunother Cancer. 2023 Aug;11(8):e007106
  4. Liu Z, Wu D, Zhai W#, Ma L#. SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for spatial transcriptomics. Nat Commun. 2023 Aug 7;14(1):4727
  5. Zhai W*,#, Lai H*, Kaya N*, Chen J*, Yang H*, Lu B*, et al. Chow PKH#, Dynamic phenotypic heterogeneity and the evolution of multiple RNA subtypes in Hepatocellular Carcinoma: the PLANET study, National Science Review, eCollection 2022 Mar
  6. Chen J, Yang H, Teo ASM, Amer LB, Sherbaf FG, Tan CQ, Alvarez JJS, Lu B, Lim JQ, Takano A, Nahar R, Lee YY, Phua CZJ, Chua KP, Suteja L, Chen PJ, Chang MM, Koh TPT, Ong BH, Anantham D, Hsu AAL, Gogna A, Too CW, Aung ZW, Lee YF, Wang L, Lim TKH, Wilm A, Choi PS, Ng PY, Toh CK, Lim WT, Ma S, Lim B, Liu J, Tam WL, Skanderup AJ, Yeong JPS, Tan EH, Creasy CL, Tan DSW#, Hillmer AM#, Zhai W#. Genomic landscape of lung adenocarcinoma in East Asians. Nat Genet. 2020 Feb;52(2):177-186
  7. Xu M*, Yao Y*, Chen H*, Zhang S*, et al Zhai W#, Zeng YX#, Liu J#. Genome sequencing analysis identifies Epstein-Barr virus subtypes associated with high risk of nasopharyngeal carcinoma., Nat Genet. 2019 Jul;51(7):1131-1136. (co-corresponding author).
  8. Chen H, Alvarez JJS, Ng SH, Nielsen R, Zhai W. Passage adaptation correlates with the reduced efficacy of the influenza vaccine. Clinical Infectious Disease 2019 Sep 13;69(7):1198-1204.
  9. Zhai W*,#, Lim TK*, Zhang T*, Phang ST, Tiang Z, Guan P, Ng MH, Lim JQ, Yao F, Li Z, Ng PY, Yan J, Goh BK, Chung AY, Choo SP, Khor CC, Soon WW, Sung KW, Foo RS#, Chow PK# "The spatial organization of intra-tumour heterogeneity and evolutionary trajectories of metastases in hepatocellular carcinoma." Nat Commun 2017 Feb 27 ; 8 : 4565 (* Joint first, # Correspond ing authors)
  10. Chen H, Deng Q, Ng SH, Lee RT, Maurer-Stroh S, Zhai W "Dynamic Convergent Evolution Drives the Passage Adaptation across 48 Years' History of H3N2 Influenza Evolution." Mol Biol Evol 2016 Sep 7 Epub 2016 Sep 7
  11. Wang GD*, Zhai W*, Yang HC*, Wang L*, Zhong L, Liu YH, Fan RX, Yin TT, Zhu CL, Poyarko v AD, Irwin DM, Hytonen MK, Lohi H, Wu CI, Savolainen P#, Zhang YP# "Out of southern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world." Cell Res 2015 Dec 15 (* Equal contribution, Cover story)
  12. Hu Z, Fu YX, Greenberg AJ, Wu CI#, Zhai W# "Age-dependent transition from cell-level to population-level control in murine intestinal homeostasis revealed by coalescence analysis." PLoS Genet 2013 ; 9(2) : e1003326 Epub 2013 Feb 28 (# co-corresponding author)
  13. Zhai W, Nielsen R, Goldman N, Yang Z "Looking for Darwin in genomic sequences--validity and success of statistical methods." Mol Biol Evol 2012 Oct ; 29(10) : 2889-93 Epub 2012 Apr 3
  14. Green RE*, Krause J*, Briggs AW*, Maricic T*, Stenzel U*, Kircher M*, Patterson N*, Li H, Zhai W, Fritz MH, Hansen NF, Durand EY, Malaspinas AS, Jensen JD, Marques-Bonet T, Alkan C, Prüfer K, Meyer M, Burbano HA, Good JM, Schultz R, Aximu-Petri A, Butthof A, Hober B, Hoffner B, Siegemund M, Weihmann A, Nusbaum C, Lander ES, Russ C, Novod N, Affourtit J, Egholm M, Verna C, Rudan P, Brajkovic D, Kucan Z, Gusic I, Doronichev VB, Golovanova LV, Lalueza-Fox C, de la Rasilla M, Fortea J, Rosas A, Schmitz RW, Johnson PL, Eichler EE, Falush D, Birney E, Mullikin JC, Slatkin M, Nielsen R, Kelso J, Lachmann M, Reich D, Paabo S "A draft sequence of the Neandertal genome." Science 2010 May 7 ; 328(5979) : 710-22
  15. Zhai W, Nielsen R, Slatkin M "An investigation of the statistical power of neutrality tests based on comparative and population genetic data." Mol Biol Evol 2009 Feb ; 26(2) : 273-83 Epub 2008 Oct 14

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