中國科學技術信息研究所每年出版的《中國科技期刊引證報告》（核心版）發布中國科技論文與引文數據庫收錄的中國科技論文核心期刊的二十餘項科學計量指標，並從1999年開始以此基礎，研製了中國科技期刊綜合評價指標體係，采用層次分析法，由專家打分確定了重要指標的權重，並分學科對每種期刊進行綜合評定。2002年公布了第一屆百種中國傑出學術期刊名單，自此之後，連續每年公布百種中國傑出學術期刊。2014年度的評選結果最近揭曉，《應用昆蟲學報》入選2013年百種中國傑出學術期刊。　　 

　　根據2014年出版的《中國科技期刊引證報告》（核心版）有關數據，在總被引頻次、影響因子和綜合評價總分等期刊評價主要指標上《應用昆蟲學報》均在昆蟲學、動物學類期刊中排名第一，在全部1989種核心期刊中的綜合評價總分排名為第95名。　　 

　　為了提高我國科技期刊總體水平，增強國際競爭力，同時也為了更好地對外宣傳我國的優秀科研成果，形成開放和凝聚的力量，為我國科技自主創新提供支撐和保障，2012年中國科學技術信息研究所啟動了“領跑者5000——中國精品科技期刊頂尖學術論文”項目（F5000項目）。2014年度《應用昆蟲學報》被評為“第3屆中國精品科技期刊”即中國精品科技期刊頂尖學術論文（F5000）”項目來源期刊，有11篇論文入選F5000。（應用昆蟲學報編輯部）