麵對國家在野生動物疾病領域的嚴峻形勢，動物所及時調整學科布局，果斷決定將“野生動物疫病預警與防控研究”作為研究所新的重大戰略布局，並與主管全國野生動物的國家林業局開展密切合作，於2004年4月成功推動中科院與國家林業局共同向國務院提交建立“全國陸生野生動物疫病監測預警體係”申請報告。同年，動物所聯合國內6家相關研究機構共同成立了“動物疫病研究中心”，為我國的動物疫病管理和決策提供科學依據。

2004年我國突發高致病性禽流感疫情後，動物所緊急啟動了候鳥禽流感疫源性研究課題，並從任務設計、學科規劃、隊伍配備、組織協調、技術支持和政策環境等幾個方麵給予了強有力的支持。受國家林業總局的委托，“動物疫病研究中心”雷富民研究員（第一共同作者）與中國農業大學、中國科學院微生物所等國內數家研究單位聯合對青海湖野生候鳥死亡事件進行了調查，並從青海湖斑頭雁、漁鷗、棕頭鷗分離到高致病性禽流感病毒H5N1亞型。對H5N1病毒基因組序列的分析表明：代表禽流感病毒高致病率的三個"毒力島"在這些毒株中是存在的。如血凝素的富含堿性氨基酸的酶切位點；神經氨酸苷酶20個氨基酸的缺失與病毒複製有關的重要蛋白PB2氨基酸上的突變。根據分析所感染水禽的可能遷徙路線以及病毒基因組的分子進化分析發現，該病毒可能是經過了重排的一種病毒，而且有可能是通過遷徙鳥從東南亞帶來青海湖的。候鳥攜帶的這種高致病性 H5N1病毒可能會隨著候鳥的遷徙活動傳播到東南亞廣泛地區，甚至會擴散到歐洲國家。該研究結果