2004年12月7日，科技部中國科學技術信息研究所公布了2003年度中國科技論文統計結果。在全國的科研機構中，動物所2003年發表SCI論文157篇，排名第15；發表國內論文299篇，排名第2；在生物學領域SCI論文排名位居第4（含高等院校）；與2002年統計數據相比，三項指標均有提高。至此，動物所已連續兩年國內論文和SCI論文篇數進入國內科研機構前20名。

近年來，在我院知識創新工程的推動下，動物所通過凝煉科技創新目標、調整科技布局、實施創新人才戰略、建立客觀的績效評價體係和新型研究所運行機製，使研究所的科技創新能力得到了顯著提升。“草原蝗蟲生態學研究、”“農田重大害鼠成災規律及綜合防治技術研究”和“中國經濟昆蟲誌”連續獲得國家自然科學和科技進步獎、在科研論文產出數量連年增加的基礎上，論文質量明顯提高，一批高質量的研究論文分別發表在國際著名刊物和本領域頂尖刊物上，如Science, PNAS, Trends in Ecology & Evolution, Oikos，Oncogene 和Biology of Reproduction等、與法國農業研究中心合作在世界上首次成功成功克隆大鼠、首次克隆牛群體獲得成功、開發的生物農藥獲得農業部農藥登記證書、SARS DNA疫苗構建和禽流感研究均獲得了重要進展。

2001?2003年統計結果具體如下：