在長期進化過程中，腸道微生物與其宿主形成了共生功能體，腸道微生物對於維持宿主的能量代謝、免疫功能和社會行為等具有重要作用，有助於提高動物宿主的生存和繁殖適合度。由宿主與腸道微生物組成的全基因組決定了動物物種的適應與進化。但是，關於宿主遺傳因素（係統發育）與環境變量對腸道微生物結構的相對貢獻尚不明確，特別是親緣關係較近物種腸道微生物的關係；此外，不同物種能量代謝特征與係統發育關係未見報道。

　　2023年7月29日，山東大學生命科學學院王德華教授、必威精装版app西汉姆联 張學英副研究員和中國科學院深圳先進技術研究院John R. Speakman院士團隊合作在National Science Review雜誌在線發表題為“Phylogenetic signal in gut microbial community rather than in rodent metabolic traits”的研究論文。該研究創新性地揭示了腸道微生物結構遵循宿主的係統發育關係，齧齒動物的代謝表型與物種係統發育無關，主要是對環境趨同適應的結果。

　　研究者經過五年的努力，收集了分布在內蒙古草原的七種齧齒動物物種，通過比較分析野外自然種群和室內飼養種群，不同食物和溫度馴化，研究腸道微生物多樣的差異與宿主物種的係統發育關係，發現了腸道微生物相似性樹與宿主的係統發育關係高度一致，即使在食物和環境溫度改變時，這種關係仍然存在（圖1）。結果表明腸道微生物結構能夠反映宿主的進化特征，具有係統發育共生（phylosymbiosis）模式。

　　該研究對高溫（熱浪）馴化的腸道微生物以及宿主的能量代謝特征分析發現，熱浪引起齧齒動物物種的腸道核心菌群降低26%，荒漠物種降低的程度相對校高；靜止代謝率降低程度具有物種差異，荒漠物種的代謝率受熱浪的影響相對較小，導致荒漠物種代謝表型與腸道微生物之間不匹配關係。進一步分析顯示齧齒動物的代謝特征和代謝差異相似性樹不具有物種發育關係，表現出對棲息地環境的趨同適應（圖2）。

　　該研究從生態與進化的角度全麵解析了腸道微生物與宿主物種的係統發育關係，闡明了全球日益加劇的熱浪對小型哺乳動物個體生理和種群動態的潛在影響，對於理解小型哺乳動物與其腸道微生物群的協同演化關係和功能適應具有重要意義。

　　這是該研究團隊自發現腸道菌群調節聚群行為產熱的能量節省機製（Microbiome, 2018）、低溫和甲狀腺素誘導產熱的微生態生理機製（ISME Journal, 2019; Microbial Biotechnology, 2022）、腸道菌群賦予恒溫動物對周期性溫度波動的代謝可塑性（mSystems, 2020)、食糞行為通過維持微生物穩態調節宿主能量平衡、神經功能和認知行為（ISME Journal, 2020）、荒漠齧齒動物通過“菌群-腸-腎”軸耐受高鹽的機製（npj Biofilms and Microbiomes, 2022）等成果以來，在野生小型哺乳動物與其腸道微生物相互作用研究領域又一新的發現。

　　山東大學生命科學學院的王德華教授、必威精装版app西汉姆联 張學英副研究員和中國科學院深圳先進技術研究院的John R. Speakman院士為文章的共同通訊作者。張學英副研究員和Saeid Khakisahneh博士為文章的共同第一作者。必威精装版app西汉姆联 翟巍巍研究員、劉偉副研究員、程繼龍博士和張欣怡博士研究生參與了本項研究。該研究得到了國家自然科學基金委項目和中國科學院B類先導科技專項培育項目的資助。

　　文章鏈接：https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwad209/7233109?searchresult=1

　　Zhang XY*¹, Khakisahneh S¹, Liu W, Zhang X, Zhai W, Cheng J, Speakman JR*, Wang DH*. 2023. Phylogenetic signal in gut microbial community rather than in rodent metabolic traits. National Science Review. https://doi.org/10.1093/nsr/nwad209.

圖1 宿主係統發育與腸道微生物係統樹的關係（Zhang et al., 2023, National Science Review）

圖2 宿主係統發育與代謝特征樹的關係（Zhang et al., 2023, National Science Review）